1943年秋，在中央研究院总干事任上的叶企孙，因傅斯年的霸道而不堪忍受有职无权的羞辱，毅然辞职离开重庆回到昆明西南联大，继续担任清华大学“特种研究事业”委员会主任。1945年8月，因西南联大理学院院长吴有训调任重庆中央大学校长，叶继任联大理学院长。抗战胜利后，西南联大常委梅贻琦、傅斯年，频繁往来于重庆、南京、北平之间办理学校复员事宜，叶企孙被国民政府教育部指定代理清华大学校长、联大常委并主持联大校务，成为事实上的西南联大第一把手。期间，国民政府为实施“种子计划”，在吴大猷推荐下，叶企孙力挺年少聪敏的物理学天才李政道公费出国学习并取得留美成功。许多年后，李政道颇为感激地说道：“叶师不仅是我的启蒙老师，而且是影响我一生科学成就的恩师。”

1946年秋，清华大学复员回到北平并于清华园复课，叶企孙担任校务委员兼理学院院长，是除梅贻琦之外清华第二号实力派人物。1948年年底，梅贻琦仓皇南飞，清华大学很快被中共接管。据叶企孙“文革”期间“交代材料”披露：“清华复员以后，吾曾一度向梅贻琦说：倘有短期出国研究物理学或科学史的机会，吾可以考虑。后来，美国某基金会（我记不清哪一个了）来信，说已给我一个研究科学史的学侣补助金（fellowship stipend），研究地点在麻省理工大学或哈佛大学。吾收到这封信时，人民解放军已接近北京效区。吾愿意留在清华，等候解放。我没有答复基金会来信，也没有去领款。”当叶决定放弃这个机会时，梅贻琦想拉叶离开北平，并有了与叶企孙共同到福建省利用海外保存的清华基金，重新建立清华大学基地的打算，但叶经过一番摇摆、观望，最后“自信作孽无多，共产党也需要教书匠”，便决定既不出国也不南飞，坚持留下来迎接对他来说并不了解的新政权。

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