淞沪抗战爆发后，傅斯年托史语所一位陈姓职员护送自己的老母前往安徽，暂住陈家，继而让妻子俞大綵携幼子傅仁轨投奔江西庐山牯岭岳父家避难，自己只身一人留在危机四伏的南京城，组织、指挥中央研究院总办事处和各所内迁重庆、长沙等地的事务。

自1928年6月中央研究院成立后，陆续按学科分科增设各研究所，到1937年抗战爆发前，已设立物理、化学、工程、地质、天文、气象、历史语言、心理、社会科学及动植物等十个研究所。理、化、工等三个研究所设在上海，其余各所均设于南京，并在南京成贤街旧法制局内设立总办事处（北极阁新址落成后，办事处迁往新址办公），主持办理全院行政事务。

当史语所、社会科学所等机构迁往长沙后，傅斯年在总办事处度过了最后的留守岁月，于南京沦陷前夜，奉命撤离，同年冬到达江西牯岭，见到爱妻幼子，随即携妇将雏乘船经汉口抵达重庆中央研究院总办事处临时住点。1938年初夏，蔡元培终于同意朱家骅辞去总干事一职，本想请傅斯年继任，但傅坚辞，说对昆明的弟兄放心不下，急于到昆明主持史语所工作，蔡只好请抗战前曾做过中华教育文化基金董事会干事长、四川大学校长、中国科学社创办人、著名科学家任鸿隽（字叔永）任总干事。

傅与任交接了总办事处事务，携妻带子来到了昆明，与史语所同仁相会于昆明靛花巷三号，继而迁往龙泉镇龙头村。此时，梁思成主持的中国营造学社虽已恢复，但要开展工作，必须有辅助这一工作可供查阅的图书资料，否则所谓工作将无从谈起。

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