另一种常见的批评这样说道：机器是严格按照模块层次结构组织的，而生物是基于元素的整体组织，每个元素都影响着另外的元素。生物独特的能力来源于这种整体设计。此外，只有生物系统可以使用这个设计原则。

新西兰奥塔哥大学的生物学家迈克尔·丹顿指出了生物实体和他所知道的机器两者设计原理的明显不同。丹顿形象地把生物描述为“自我组织、自我指示……自我复制……互惠……自我形成、具有整体性。”41然后他做了一个没有经过论证的转变，简直是一个180°的转变。他说，这种有机形式只能通过生物过程创建，并且这种形式是“不可改变的……深不可测……基本”的存在现实。

丹顿对有机系统的美感、复杂、奇异及相互联系感到“震撼”和“惊奇”，从非对称的蛋白质形状带来的“怪异的其他世界的印象”到诸如人脑这种高阶器官的非凡的复杂度，这种感觉我也有。此外，我同意丹顿说的生物设计代表了一套深刻的原则。但是，准确地说，我的论点是：机器（以人为导向的设计的衍生物）可以访问并已经在使用同样的原则，但是丹顿和其他的整体论学派的批评家都不承认和回应。这一直是我自己的工作要点，并代表了未来的潮流。模拟自然的想法是使未来的技术提供巨大能力的最有效的方式。

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