转基因技术在很大程度上重塑了美国种子公司的市场格局。 在植物转基因技术诞生后，很多种子公司看到了转基因农产品的发展潮流。 这就像当时的互联网热潮，大家都认为转基因技术能给他们带来丰厚的回报。 而且，美国农业部在《植物品种保护法》（PVP）中规定，他人可以出于研究目的使用受专利保护的新品种的优良特性，这更加大了投资者的兴趣。于是，大量的私有资金投入到转基因作物的研发当中，私人种子公司成为美国转基因作物研发的主要力量。美国农业部对1996―2000年的统计结果显示，全美在农业生物技术领域的新技术专利共4200个，其中75%是来自于私人种子公司。 不过，因为转基因研发的过程漫长，导致成本高昂，时间周期过长。 所以，在转基因技术的竞争发展过程中，大多数种子公司发现转基因技术不但不能给他们带来高额利润，而且企业因为越来越高的转基因研发投入，已经面临明显的生存危机。 于是，很多规模小的种子公司因为承受不住巨大的经济压力，只好纷纷倒闭破产，大的种子公司也纷纷开始合并或被其他企业并购。 转基因农产品整合成了关键的行为。 到1997年，美国的3大种子公司就占据了种子的研发培育及生产销售的很大部分。

商业资本在“羽翼渐丰”后，开始了大规模的市场扩张。 在中国，外国的蔬菜种子占领了中国“蔬菜之乡”山东寿光50%以上的份额。寿光市具有种子经营资格的经营业户285家，其中经营的茄果类蔬菜大部分是国外品种。国外品种在寿光种子市场占有率，长茄在90%以上，番茄60%以上，辣椒60%以上，彩椒近100%，并且在大葱、胡萝卜、苦瓜、菠菜品种的市场占有率呈快速上升势头。国产蔬菜种子市场占有率不断下降，只有在密刺黄瓜、芸豆、苦瓜等种植规模较小的品种占有一定市场份额。 随着外资的深入和对一些品种的垄断，一些国家厂商就开始了涨价的过程。 寿光曾经番茄爆发黄化曲叶病毒，这种病害爆发后，我国企业、科研单位一筹莫展，没有一家民族企业能拿出抗病丨毒丨品种，而国外公司9月份就拿出了抗病毒的种苗。这种抗病毒种苗价格一开始为每株0.42元，但随着农民用种量的扩大，很快上涨到每株0.87元。 而从农民的角度来说，因为中国缺乏相应质量的种子，所以只好接受高价的外国种子。

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