例如：虽然在《内经》中有许多解剖学的内容，但许多人认为：解剖学是现代西医发展的基石，中医的医学理论体系特殊，没有以解剖知识为基础。否认中医理论体系是建立在古代解剖知识的基础上的，那么中医理论体系又是从哪里来的呢？难道是从神仙那学来的？这种认识的实质只不过是不愿承认自己的错误罢了。

《内经》中的藏象学说就是在古代解剖学基础上，通过临床观察并加以总结而形成的对人体内部器官解剖和生理的认识。其中许多内容是已经被现代医学所证明，例如：肺主气；心主血脉…。

作为两千多年前的东西存在争议在所难免，最著名的就要数争论了两千多年的“心主神明”还是“脑主神明”的问题了。每一位中医学子，在进入中医院校的第一学期都要学习《中医基础理论》，书中对神有两种解释，一种称为广义的神，即指整个人体生命活动中的内在变化和外在表现的结合；另一种是狭义的神，即指心所主的神态，即人的思维意识活动。藏象一章中白纸黑字写着：心主神志，即心主神明，亦称心藏神，是指心具有主宰人体一切生理活动和人体意识思维活动的功能。因为现代中基将神明解释成思维意识活动，所以心主神明还是脑主神明的问题也就变成了是心还是脑在主思维意识活动了。对于这个问题，无论是中医还是西医都争论过。可能是因为后世医家更崇尚中心位置，所以把精神活动这一重任交给了更位于中心位置的心脏；或许后世的医生观察到人们受到情志的刺激时往往最先表现的是心脏跳动加快，然后是昏厥，而心脏的疾病会导致患者迅速死亡，往往不给医生抢救的时间，所以在很长的时间里中、西医都更倾向于心主思维意识活动的判断。在西方亚里士多德认为心主思维，这一“定理”直到公元十六世纪才由近代解剖学的奠定人维萨留斯加以更正。

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