十分遗憾的是在这一时期，医学方面中西方的交流太少了，而且主要表现为对外的输出，例如《本草纲目》。究其原因，主要是当时来中国的欧洲人主要是传教士，他们之中懂得医的本来就凤毛麟角，而且这凤毛麟角的人带来的不过是过时的西坡克拉里和盖伦的老古董。直到1643年，才有耶稣会士邓玉函等据包因（Gaspara Bauhin）《解剖学》编译的《泰西人身说概》由毕拱辰润色后出版。可惜的是在书出版后的第二年明朝就灭亡了，使得这本书没有广泛流传，据说在北京医科大学还存有手抄本。但从像王清任这样，致力于解剖学研究的职业医生都没有看到这本书，甚者可能都未听说过这本书可想而知这部书的影响之小。崇祯时期出版了汤若望编著的《主制群征》，里面“叙述了脑的结构功能以及与脊髓连为一体。还有脑神经的数量（六对），以及其中五对的功能。脊神经的数量（三十对），并初步描述了神经之遍布全身，另外还有神经的结构。”（引自《明清之际传入中国之西方生理学》）在十六世纪中叶近代解剖学的奠定人维萨留斯还被迫害致死，所以这些书在当时的欧洲出版可能都有困难。似乎明朝中医对新事物的学习欲望大大超过了现代的中医。而康熙和他的大臣则认为：“其所云人之知识记忆皆系于头脑等语，于理实为舛谬”，所以在《四库全书》出版后，这些书就销声匿迹了。

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