南原定之以杀人罪被逮捕了。拿到逮捕令的是负责深川杀人案的搜查人员。决定性的证据是DNA的鉴定结果。从被害者指甲中检测出的DNA与南原的DNA的一致程度达到了99.9％以上。

南原开始全面招供的地方，不是深川南警署，而是在警视厅的问询室。

据当时的调查负责人反馈，当南原知道自己被逮捕是因为深川杀人事件的一瞬间就已经做好了思想准备，毫不慌乱地用平静的语气交待了事情的经过。

南原招供的内容，很快就传到了新田他们那里。内容大致如下：

南原和冈岛孝雄之间的关系，到去年为止还是很好的。和企业共同推进的新材料的研发，也马上就能到达胜利的终点了。南原在这个项目上投下了自己作为研究者一生最大的赌注。回顾南原走过的人生，绝不是一帆风顺的。他在助手时期跟随的教授只专注于学校内部无聊的派系斗争，对学术研究却不肯花费心思。安排给南原的工作都是一些无关紧要的杂事，导致他没有时间专注于自己的研究内容。即便如此，如果跟随的教授在派系斗争中赢了倒也罢了，可结果恰恰相反，教授被排挤到别的大学了。像是中途被流放了。在那之后，南原又跟随过好几个教授。“基于极限点的MKE制法”就是南原在如此恶劣的研究环境中研发出的成果。因为这个南原才当上了副教授，可以说是他唯一的金字招牌。所以他曾经很感谢同意把这个方案纳入项目的冈岛教授。

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