在大流感过去后的最初几年里，刘易斯继续执掌着宾夕法尼亚大学的菲普斯研究所。

但是，刘易斯过得并不快乐。他是那些仍相信流感嗜血杆菌引发了疾病并在流感过后继续研究的人之一。颇具讽刺意味的是，他最初并不接受流感杆菌作为病因，而怀疑是一种滤过性病毒。也许他固执的主要原因就是他的经验。他不但总能发现这种杆菌，还研制出一种似乎有效的疫苗。确实，海军给几千人使用的疫苗就是按他的方法制备的，结果证明该疫苗无效，但这批疫苗不是他亲手制造的。一小批他亲自制备和检验的疫苗——在大流感的高峰期，而不是在之后由于病原体变弱而令许多疫苗貌似有效的那个阶段——经有力证据证明是有效的。接受疫苗的60人中只有3人感染了肺炎，并且无一死亡；而对照组里有10人感染肺炎，3人死亡。

这些结果蒙蔽了他。从前他并不是总能作出正确的科学判断——没有哪个研究者可以——但这次可能是他第一次事关重大的科学失误。这也许标志着他从此走上了一条下坡路。

一开始还没什么征兆。他已在国际上享有声誉。德国的科学期刊《肺结核杂志》（Zeitschrift für Tuberkulose）翻译转载了他的工作情况。1917年他被邀在一年一度的哈维讲座上作关于肺结核的演讲，这是一项极大的荣誉。科尔在十多年后才获得邀请。85年后，戴维·刘易斯·阿龙松（David Lewis Aronson，其父是位经常获奖的科学家，曾在欧洲最好的实验室工作，认为刘易斯是他所见过的最聪明的人，因此也给儿子取名刘易斯）回忆他读到这篇讲演稿时的情景：“你可以看到，刘易斯的思维方式、思想深度和广阔眼界正渐入佳境、日臻成熟。”

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