在1859年至1872年间，《物种起源》一书总共出了六版。此外，在《物种起源》一书问世百年纪念的1959年，美国费城的宾夕法尼亚大学出版社出版了由维多利亚文学研究者派克汉姆先生编纂的《达尔文〈物种起源〉集注本》（Morse Peckham：The Origin of Species by Charles Darwin：A Variorum Text）；《集注本》对各个版本的增删情况进行了逐字逐句的对照。在众多的英文版本中，以第一版的重印本最多，而在20世纪的前八十年间，最常见的却是1872年第6版的重印本。

按照达尔文本人的说法，第一版是1859年11月24日出版，第二版是1860年1月7日出版；派克汉姆先生查阅了该书出版社的出版记录，则认为第一版是1859年11月26日出版，第二版是1859年12月26日出版。也就是说，第二版与第一版相隔只有一个半月或一个整月的时间。第二版在字体、纸张和装订上，跟第一版不无二致，最重要的是没有经过重新排版（两版的页数相同），故可说是第二次印刷。但根据派克汉姆先生的研究，达尔文在第二版中删除了第一版中的9个句子，新增了30个句子，修改了483个句子（大多为标点符号的修改）。但主要的还是改正了一些印刷、标点符号、拼写、语法、措辞等方面的错误。在其后的十二年间的第三（1861）、四（1866）、五（1869）及六（1872）版中，尤其是自第四版开始，达尔文为了应对别人的批评，做了大量的修改，以至于第六版的篇幅比第一、二两版多出了三分之一。值得指出的是，从第三版开始，达尔文增添了《人们对物种起源认识进程的简史》；从第五版开始，他采纳了斯潘塞（Herbert Spencer）的“适者生存”（“the survival of the fittest”）一说；从第六版开始，他把原标题“On the origin of species”开头的“On”字删除了；并将《人们对物种起源认识进程的简史》的题目改成《本书第一版问世前，人们对物种起源认识进程的简史》。

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