所谓的“科学小说”既包括与今天的科幻小说有直接联系的未来小说，也包括普及科学知识的科普小说，如明治初期的畅销书《造化机论》。自江户后期的兰学以来，医学领域的启蒙书成为“开化”知识的先驱，这些医学启蒙书大多数是附有解剖图的关于性的通俗解说书，虽然多数读者不是出于对科学的好奇，但是读者众多。

从幕府末期到明治初期，日本多次发生霍乱大流行，普及预防传染病的卫生知识成为当务之急。与霍乱的斗争，就如文字所言，的确是一场你死我活的战斗，故常常用战斗一类的词来描述。附有图解的医学书把药比喻成炮弹，预防就成为“微细菌军”与“卫生军”间的战斗。这些使用拟人化表现手法的“科学小说”就是科普启蒙书，同时也可以说是科幻。虽然作为科学启蒙的书是失败了，但在科幻史上倒成为“奇思妙想书”，非常有趣，所以“科学小说”处境很微妙。

滩冈驹太郎的《卫生镜人身体内政事记》（丰盛堂，明治22年）就是这类奇书的一个典型。这本书把人的身体组织比喻为社会行政体制，力图用拟人化的手法来向读者做简单明嘹的说明。而现在类似这样的科普书也不少。把食物顺着消化器官走动的样子比喻为旅行，用故事来解释食物链及自然的循环，如今已经成为面向儿童的科普读物的固定模式了。

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