叶企孙进得清华园，只和一人有关，这个人就是梅贻琦。二人的秉性脾气，竟是那样的相合。放眼清华，一见如故者，在梅贻琦的私家相簿里，叶企孙怕是寥寥无几的一个。梅贻琦大叶企孙9岁，成为叶企孙的老师时，又教他数学与物理，这两门功课又偏偏是叶的最爱，以他的资质与勤奋，梅贻琦没法不喜欢他。梅的君子品性和精深学问当然也是叶的楷模。在清华园学习的时候，叶企孙是梅贻琦最得意的学生，这情形已然如在南开时的他与张伯苓。师生如父子，是中国最为独特的文化伦理景观之一。因此，当清华改制组建大学时，身为物理系“首席教授”的梅贻琦为校方提供延聘名单时，第一个想到的人选就是叶企孙。

叶企孙很快就进入了状态，在教学上已能独当一面。清华改制后的大学部开始全力推进张彭春的课程改革，其特点之一就是不设系，将全部课程分为“普通”和“专门”两个阶段。学生在2-3年内修完规定课程后，获得考试“修业文凭”，然后再选择是否继续攻读或转学就业。倘若继续学习，就要再参加考试，获得资格后再升入“专门”课程，这就是所说的“专门”阶段。后来，张的这项改革计划被攻讦，大部分学生认为考入清华就已颇费工夫，而辛苦3年只得修业文凭，还不能出国进修，这实在是得不偿失，于是群起而攻之，而一些教授也持反对态度，使这项改革仅仅推行半年就宣告失败。叶企孙的大弟子王淦昌、施士元是1925年9月入学的，正好赶上这一改革实验。一开始，他们选修的是化学而不是物理，但是，他们上了叶企孙的课后，便改变了初衷。叶企孙的课叫“普通物理课”，之所以冠以“普通”，大概就是应合张彭春的“普通阶段”。在谈到如何由学化学而转学物理时，王淦昌回忆道：

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