因此，化石记录并没有提供人类进化的坚实证据，这样达尔文的追随者就不得不以纯粹假想的方式来讨论人类进化的过程。只是到了19世纪最后十年，才成功地找到了化石证据。达尔文曾经预言非洲可能是人类产生的摇篮，但是荷兰博物学家尤金·杜布瓦决定在猩猩的故乡东印度试试他的运气。杜布瓦在爪哇岛探寻了一段时间后，于1891年发掘出一具头盖骨，这是一个似人动物的头盖骨，骨头比较厚，比尼安德特人更加原始。他由于确信所发现的至少是猿与人之间的联系环节，所以将其命名为直立猿人，不过世界上都称之为“爪哇人”。然而1895年在莱顿召开的一次动物学会议上，科学界虽然欢迎这一发现，但却表示出怀疑。只有恩斯特·海克尔——新类型的名称就是从他为假设中猿与人之间联系环节所起的名字借来的——宣称爪哇人最终证明了人类的进化（Haeckel，英译本，1898）。杜布瓦则变得神神息息，不愿意让其他人来检验他的发现。因此他的发现中所蕴含的意义便变得模糊不清，直到20世纪，由于又有一些其他标本被发掘出来，人们才搞清楚杜布瓦发现的意义。

化石证据的缺乏曾被作为记录不完备的另一个例子。至少有关远古人类及其在远古时期原始技术状态的考古证据不断增加。19世纪40年代，随着在灭绝动物遗骸旁边，比如在猛犸的旁边，发现了石制工具和武器，人类起源于近代的传统信念受到了挑战。尤其重要的是伯彻·德·铂斯在索姆河碎石滩的发现。最初这些发现的含义被受居维叶的名声所迷惑的科学界极大地忽视了，但是19世纪50年代的发现清楚地表明，人类的确已经在地球上居住很长时间了。原先支持人类近代创生理论的查尔斯·赖尔，这时也在《远古的人类》（Lyell，1863）一书中发表了对这一新证据的分析。约翰·拉巴克（Lubbock，1870）及其他人描述出现代的史前史观点。考古学证据表明，从最早期粗糙的石器工具，到青铜和铁的发现，人类的技术能力经历了不断的改善。在缺乏人类〖HTH〗生物学〖HTSS〗改善的化石证据条件下，进化论者利用了〖HTH〗文化〖HTSS〗进步的证据，至少用来间接支持他们的主张。19世纪末史前史考古学的重大进展，使得人们可以重建文化时期的顺序，并且提出，随着人类的进步，文化时期经历了不断的替换。不过还没有什么人提出，在历史的同一时期，不同的文化会同时存在。特别是加布里埃尔·德·莫尔蒂耶的工作，将文化发展的严格顺序与人类的生物学进化联系了起来，最后将直立猿人和尼安德特人作为猿进步到人所经历的一个阶段（关于考古学的发展，见Daniel，1975；Grayson，1983；Hammond，1980）。与此同时，爱德华·B·泰勒和刘易斯·H·摩尔根等人类学家，开始根据对现代野蛮人的研究，来证明为什么他们相信早期的人类文化发展经历了不同的阶段。

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