公元十二至十四世纪的金元时代，中医学出现了许多各具特色的医学流派。其中有代表性的有四大家、即：刘完素（公元1120～1200），认为伤寒（泛指发热性疾病）的各处症状多与“火热”有关，因而在治疗上多用寒凉药物，被后世称之为“寒凉派”：张从正（约公元1156～1228），认为病由外邪侵入人体所生，一经致病，就应祛邪，故治疗多用汗、吐、下三法以攻邪，被后世称之为“攻下派”；李东垣（公元1180～1251），提出“内伤脾胃，百病由生”，治疗时重在温补脾胃，因脾在五行学说中属“土”故被后世称之为“补土派”，朱震亨（公元1281～1358），认为人体“阳常有余，阴常不足”（即认为人体常常阳气过盛，阴气不足），治疗疾病应以养阴降火为主，被后世称之为“养阴派”。

明代医药学家李时珍（公元1518～1593）亲自上山采药，广泛地到各地调查，搞清了许多药用植物的生长形态，并对某些动物药进行解剖或追踪观察，对药用矿物进行比较和炼制，参考文献800余种，历时27年之久，写成了《本草纲目》，收载药物1，892种，附方10，000多个，对中国和世界药物学的发展做出了杰出的贡献。

大约在公元十一世纪，中医即开始应用“人痘接种法”预防天花，成为世界医学免疫学的先驱。公元十七至十九世纪，由于传染病的不断流行，人们在同传染病作斗争的过程中，形成并发展了温病学派。如明代吴有性认为传染病的发生，“非风非寒,非暑非湿,乃天地间别有一种异气所感,”他称之为“戾气”。他指出“戾气”的传染途径是自口鼻而入，无论体质强弱，触之皆病。这就突破了中医学历来认为的病邪是由体表进入人体的传统理论，在细菌学尚未出现的十七世纪中叶，这无疑是一伟大创举。到了清代，中医在治疗温病(包括传染性和非传染性发热性疾病)方面成就的代表著作有叶桂的《温热论》、薛雪的《湿热条辨》、吴瑭的《温病条辨》及王士雄的《温热经纬》等。

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