1941年，叶企孙被任命为中央研究院总干事。

就其体制来讲，中央研究院很像我们现在的中国科学院。而总干事就是院长之下的第二把手。院长由政府要员担任，并不实际参与管理日常事务，平时的运转，全凭总干事指挥与调度。

中央研究院由蔡元培出任第一任院长，曾任孙中山先生秘书长的杨杏佛任第一任总干事。1938年蔡元培逝世，根据中研院拟定的章程，朱家骅被蒋介石选定为中研院第二任院长。1940年夏，清华大学校长梅贻琦因公赴渝期间，朱家骅曾向他表露过要请叶企孙出任总干事一职的想法，没有得到梅院长的同意。当时梅的回答是“可以是可以，不过清华的事业也离不开叶，最好是不完全脱离清华而两边兼顾”。1940年9月29日，朱家骅致函梅贻琦，再次要求他能够同意自己的请求。朱氏认为，总干事一职担负的是国家科学振兴的大任，非同小可，只有学术权威且能为国出力的人才能担任。同时，这个职务还需要有非凡的组织才能和良好的人际关系。当时为了这个职务，各个学派互不相让，各派势均力敌，争夺得好不热闹。但朱家骅只看好叶企孙。因为就学术成就而言，叶企孙是一位成绩卓著的科学家，就人品来说，叶企孙为人正直，重才敬才，无派无系，心怀坦荡，是当然的最佳人选。

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